بررسی منابع ژنومی میگوهای تجاری و کاربرد آنها در آبزی پروری و مدیریت منابع میگوها

کد مقاله : 1140-5THISC-FULL

نویسندگان

احمد فرهادی *1، سپیده زارع جونقانی2، امید بیرقدار کشکولی3 1شرکت بوم زیست ژن دنا 2دانشگاه شیراز 3داشگاه صنعتی اصفهان

چکیده مقاله

در دهه اخیر در ژنتیک میگوها پیشرفت قابل توجه ای صورت گرفته است. در حال حاضر ژنوم گونه های میگوی وانامی (Penaeus vannamei) و میگوی موزی (P. monodon) در سطح ژنوم کامل توالی یابی و در سطح کروموزوم اسمبل شده اند و ژنوم میگوی هندی (P. indicus) و میگوی چینی (P. chinensis) توالی یابی کامل شده اند. این مقاله به بررسی منابع ژنومی موجود میگوها، و کاربرد آنها در آبزی پروری و مدیریت شیلاتی میگو پرداخته است. در بررسی (با کلید واژه Genome و Penaeus) در دیتابیس های موجود تعداد 2407 خوانش آرشیو خام (SRA) شامل تعداد 17 ژنوم توالی یابی شده از میگوها پیدا شد که دارای انداز بین 1.7 تا 2.4 گیگاباز با پوشش بیش از 90 درصد ژنوم کامل گونه بود. از بین این ژنوم ها، 5 ژنوم دارای ویرایش، نت گذاری و اسمبل شده بودند که متعلق به گونه های وانامی، مونودون، هندی و ژاپنی بودن گه دارای کیفیت ژنوم رفرنس بودند. از طرفی ترانسکریپتوم گونه های وانامی و مونودون در مراحل مختلف توسعه لاروی و همچنین بافت های مختلف در دیتابیس ها وجود دارد. این منابع ژنومی امکان انتخاب نشانگر برای انتخاب و اصلاح نژاد، طراحی gRNA برای ویرایش ژنوم جهت کنترل تولید مثل، طراحی روش های مولکولی تشخیصی مبتنی برPCR برای تشخیص بیماری و همچنین مداخله با RNA برای تولید میگوهای مقاوم و عاری از بیماری را فراهم خواهد کرد. در این پرداخته شده و با متا-آنالیز آنها، کاربرد آنها در پرورش میگوهای دریایی شرح داده خواهد شد.

کلیدواژه ها

میگو، ژنوم، توالی یابی، دیتابیس، ترانسکریپتوم

وضعیت: پذیرفته شده